RahXephon

Kehidupan sehari-hari siswa sekolah menengah Ayato Kamina menjadi terbalik ketika Tokyo tiba-tiba diserang oleh jet tempur futuristik. Di tengah kekacauan tersebut, ia bertemu dengan seorang wanita bernama Haruka Shitow yang mengaku berasal dari organisasi pemerintah bernama TERRA. Dia mengungkapkan bahwa dia telah hidup dalam gelembung waktu bernama "Tokyo Jupiter" yang dibuat oleh Mulian—makhluk humanoid dari dimensi lain—dalam upaya untuk mengisolasi dan mengambil alih Tokyo. TERRA telah mencoba menerobos penghalang yang mengelilingi kota sejak saat itu. Tidak dapat memproses wahyu tersebut, Ayato panik dan melarikan diri. Dia bertemu dengan teman sekelasnya Reika Mishima yang membawanya ke tempat bernama "Kuil Xephon" di mana telur besar tertidur. Dia mulai bernyanyi dan kekuatan tak dikenal terbangun dalam diri Ayato, menghubungkannya dengan makhluk bernama RahXephon yang keluar dari telur. Tak lama setelah itu, Haruka menemukannya lagi dan mencoba mengajaknya bergabung dalam perjuangannya melawan Mulian. Terperangkap di antara garis bidik Mulian dan TERRA, Ayato mulai mempertanyakan tujuannya, menavigasi ingatan yang berubah dan akhirnya identitasnya di dunia baru yang kacau ini.