FLCL Progressive

Di musim baru FLCL, bertahun-tahun telah berlalu sejak Naota dan Haruhara Haruko berbagi petualangan mereka bersama. Sementara itu, perang antara dua entitas yang dikenal sebagai Medical Mechanica dan Fraternity mengamuk melintasi galaksi. Masuki Hidomi, seorang gadis remaja muda yang percaya tidak ada yang luar biasa untuk diharapkan dari kehidupan rata-rata, sampai suatu hari ketika seorang guru baru bernama Haruko tiba di sekolahnya. Tak lama kemudian, Medis Mechanica menyerang kotanya dan Hidomi menemukan rahasia di dalam dirinya yang bisa menyelamatkan semua orang, rahasia yang hanya bisa dibongkar oleh Haruko. Tapi mengapa Haruko kembali ke Bumi? Apa yang terjadi pada Rickenbacker 4001 yang ditinggalkannya dengan Naota? Dan di mana robot tipe manusia "Canti" pergi?